Read allele frequencies in FSIgen format (.csv)
read_allele_freqs.RdRead allele frequencies in FSIgen format (.csv)
Value
Named list with frequencies by locus. The frequencies at a locus are returned as a named numeric vector with names corresponding to alleles.
Details
Reads allele frequencies from a .csv file. The file should be in FSIgen format, i.e. comma separated with the first column specifying the allele labels and one column per locus. The last row should be the number of observations. No error checking is done since the file format is only loosely defined, e.g. we do not restrict the first column name or the last row name.
Examples
# below we read an allele freqs file that comes with the package
filename <- system.file("extdata","FBI_extended_Cauc_022024.csv",package = "simDNAmixtures")
freqs <- read_allele_freqs(filename)
freqs # the output is a list with an attribute named \code{N} giving the sample size.
#> $AMEL
#> X,X X,Y
#> 0.5 0.5
#>
#> $D3S1358
#> 13 14 15 16 17 18 19
#> 0.00249975 0.13858614 0.24747525 0.23267673 0.21037896 0.16338366 0.00499950
#>
#> $vWA
#> 13 14 15 16 17 18 19 20
#> 0.0050 0.0990 0.1139 0.2054 0.2673 0.2178 0.0817 0.0099
#>
#> $D16S539
#> 8 9 10 11 12 13 14
#> 0.01979604 0.10397920 0.06438712 0.27224555 0.34153169 0.16336733 0.03219356
#> 15
#> 0.00249950
#>
#> $CSF1PO
#> 7 8 9 10 10.3 11 12
#> 0.00249950 0.00499900 0.01979604 0.25244951 0.00249950 0.29944011 0.32663467
#> 13 14 15
#> 0.07178564 0.01489702 0.00499900
#>
#> $TPOX
#> 8 9 10 11 12
#> 0.5470 0.1238 0.0371 0.2550 0.0371
#>
#> $Yindel
#> 2
#> 1
#>
#> $D8S1179
#> 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17
#> 0.0198 0.0099 0.1089 0.0594 0.1411 0.3342 0.2054 0.1064 0.0124 0.0025
#>
#> $D21S11
#> 24.2 27 28 29 30 30.2 31
#> 0.00499900 0.04459108 0.16826635 0.18066387 0.23265347 0.03959208 0.07178564
#> 31.2 32 32.2 33.2 35.2
#> 0.10147970 0.01489702 0.10887822 0.02969406 0.00249950
#>
#> $D18S51
#> 10 11 12 13 14 15 16
#> 0.01489553 0.01239628 0.12866140 0.11876437 0.17564731 0.13365990 0.10396881
#> 17 18 19 20 21 22
#> 0.15345396 0.09157253 0.03468959 0.02479256 0.00499850 0.00249925
#>
#> $DYS391
#> 9 10 11
#> 0.0206 0.4536 0.5258
#>
#> $D2S441
#> 9 10 11 11.3 12 12.3 13
#> 0.00249975 0.18068193 0.30936906 0.08419158 0.04949505 0.00249975 0.04949505
#> 14 15 16
#> 0.26237376 0.05199480 0.00739926
#>
#> $D19S433
#> 12 12.2 13 13.2 14 14.2 15
#> 0.09648070 0.00499900 0.27964407 0.02229554 0.34893021 0.00989802 0.14357129
#> 15.2 16 16.2 17 17.2 18.2
#> 0.02479504 0.03959208 0.01979604 0.00249950 0.00499900 0.00249950
#>
#> $TH01
#> 6 7 8 8.3 9 9.3 10
#> 0.2252 0.1733 0.1262 0.0025 0.1658 0.3045 0.0025
#>
#> $FGA
#> 18 19 20 20.2 21 22 22.2 23 24 25 26
#> 0.0297 0.0545 0.1436 0.0025 0.1757 0.1881 0.0099 0.1584 0.1386 0.0718 0.0173
#> 27
#> 0.0099
#>
#> $D22S1045
#> 11 12 13 14 15 16 17
#> 0.14358564 0.00739926 0.00499950 0.06189381 0.36386361 0.31676832 0.09649035
#> 18
#> 0.00499950
#>
#> $D5S818
#> 9 10 11 12 13 14 15
#> 0.0297 0.0495 0.4084 0.3515 0.1510 0.0074 0.0025
#>
#> $D13S317
#> 8 9 10 11 12 13 14
#> 0.10148985 0.08169183 0.04949505 0.31186881 0.30936906 0.11138886 0.03469653
#>
#> $D7S820
#> 6 7 8 9 10 11 12 13 14
#> 0.0025 0.0173 0.1634 0.1460 0.2896 0.2030 0.1411 0.0297 0.0074
#>
#> $SE33
#> 12 13 13.2 14 14.2 15
#> 0.017293083 0.007397041 0.002499000 0.027189124 0.002499000 0.042083167
#> 16 16.3 17 17.3 18 18.3
#> 0.042083167 0.002499000 0.071771291 0.002499000 0.079168333 0.002499000
#> 19 19.2 20 20.2 21 21.2
#> 0.066773291 0.004998001 0.042083167 0.017293083 0.024790084 0.012395042
#> 22 22.2 23 23.2 24 24.2
#> 0.004998001 0.027189124 0.004998001 0.042083167 0.002499000 0.029688125
#> 25 25.2 26.2 27.2 28.2 29.2
#> 0.002499000 0.049480208 0.037085166 0.064374250 0.069272291 0.091563375
#> 30.2 31.2 32 32.2 33.2 34
#> 0.054478209 0.029688125 0.002499000 0.009896042 0.007397041 0.002499000
#>
#> $D10S1248
#> 10 11 12 13 14 15 16
#> 0.00249975 0.00249975 0.03709629 0.33656634 0.27477252 0.17328267 0.13118688
#> 17 18
#> 0.03959604 0.00249975
#>
#> $D1S1656
#> 10 11 12 13 14 14.3 15
#> 0.00499950 0.06929307 0.11878812 0.04949505 0.09159084 0.00739926 0.14358564
#> 15.3 16 16.3 17 17.3 18.3 19.3
#> 0.05939406 0.11138886 0.05199480 0.05689431 0.15098490 0.07179282 0.01239876
#>
#> $D12S391
#> 15 16 17 17.3 18 18.3
#> 0.039588124 0.042087374 0.103968809 0.024792562 0.175647306 0.019794062
#> 19 19.3 20 20.3 21 22
#> 0.106368090 0.009897031 0.103968809 0.002499250 0.133659902 0.103968809
#> 23 24 25 26 27
#> 0.074277717 0.027191842 0.024792562 0.004998500 0.002499250
#>
#> $D2S1338
#> 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26
#> 0.0297 0.1931 0.0668 0.1510 0.1485 0.0198 0.0297 0.1213 0.1213 0.0965 0.0223
#>
#> $`Penta E`
#> 5 6 7 8 9 10 11
#> 0.07919208 0.00249975 0.13608639 0.01729827 0.01239876 0.09409059 0.09899010
#> 12 13 14 15 16 16.4 17
#> 0.15838416 0.10888911 0.07179282 0.04209579 0.04459554 0.00249975 0.06929307
#> 18 19 20 21
#> 0.02969703 0.01239876 0.01239876 0.00739926
#>
#> $`Penta D`
#> 2.2 7 8 9 10 11 12
#> 0.00499950 0.00499950 0.01729827 0.23507649 0.11628837 0.13368663 0.21037896
#> 13 14 15
#> 0.20787921 0.05449455 0.01489851
#>
#> attr(,"N")
#> AMEL D3S1358 vWA D16S539 CSF1PO TPOX Yindel D8S1179
#> 404 404 404 404 404 404 97 404
#> D21S11 D18S51 DYS391 D2S441 D19S433 TH01 FGA D22S1045
#> 404 404 194 404 404 404 404 404
#> D5S818 D13S317 D7S820 SE33 D10S1248 D1S1656 D12S391 D2S1338
#> 404 404 404 404 404 404 404 404
#> Penta E Penta D
#> 404 404